Viện Nghiên cứu Chiến lược, Chính sách Công Thương được hình thành trên cơ sở hợp nhất Viện Nghiên cứu Thương mại và Viện Nghiên cứu Chiến lược, chính sách công nghiệp theo Nghị định số 98/2017/NĐ-CP ngày 18/8/2017 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công Thương. Trước đó, cả hai Viện Nghiên cứu Thương mại và Viện Nghiên cứu Chiến lược, chính sách công nghiệp đều có lịch sử truyền thống xây dựng và phát triển qua nhiều thập kỷ. 
Viện Nghiên cứu Thương mại có tiền thân là Viện Kinh tế - Kỹ thuật thương nghiệp (theo Quyết định số 121CP ngày 17/6/1971 của Hội đồng Chính phủ về sửa đổi tổ chức bộ máy của Bộ Nội thương), Viện Kinh tế ngoại thương (7/1982), Viện Khoa học kỹ thuật và Kinh tế vật tư (10/1982), Viện Kinh tế đối ngoại (1988), Viện Kinh tế - Kỹ thuật Thương mại (3/1992), Viện Nghiên cứu phát triển du lịch (3/1993). Để kiện toàn tổ chức bộ máy của Bộ Thương mại, ngày 08/11/1995, Thủ tướng Chính phủ đã ký ban hành Quyết định số 721/TTg về sửa đổi một số tổ chức trực thuộc Bộ Thương mại, trong đó quyết định hợp nhất Viện Kinh tế - Kỹ thuật Thương mại và Viện Kinh tế đối ngoại thành Viện Nghiên cứu Thương mại. 
Viện Nghiên cứu Chiến lược, chính sách công nghiệp có tiền thân là các đơn vị nghiên cứu khoa học của các Bộ: Bộ Công nghiệp nặng, Bộ Công nghiệp nhẹ, Bộ Năng lượng. Tại Nghị định số 74/CP ngày 01/11/1995 của Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Công nghiệp, các đơn vị nghiên cứu khoa học thuộc Bộ Công nghiệp nặng, Bộ Công nghiệp nhẹ, Bộ Năng lượng được sắp xếp thành tổ chức nghiên cứu khoa học trực thuộc Bộ Công nghiệp. Viện Nghiên cứu chiến lược, chính sách công nghiệp được quy định tại Nghị định số 55/2003/NĐ-CP ngày 28/5/2003 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Bộ Công nghiệp. Tiếp theo đó, Viện Nghiên cứu chiến lược, chính sách công nghiệp được quy định tại các Nghị định: Nghị định số 189/2007/NĐ-CP ngày 27/12/2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Bộ Công Thương; Nghị định số 44/2011/NĐ-CP ngày 14/6/2011 của Chính phủ sửa đổi Điều 3 Nghị định số 189/2007/NĐ-CP ngày 27/12/2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công Thương; Nghị định số 95/2012/NĐ-CP ngày 22/11/2012 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công Thương.

 Cuối năm 2022, Chính phủ đã ra Nghị định số 96/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 11 năm 2022 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công Thương và đó là căn cứ để Bộ Công Thương ra Quyết định số 2633/QĐ-BCT ngày 02 tháng 12 năm 2022 của Bộ trưởng Bộ Công Thương quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Chiến lược, Chính sách Công Thương.

Trong những năm qua, Viện Nghiên cứu Chiến lược, Chính sách Công Thương đã tích cực triển khai chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước, chỉ đạo của Bộ Công Thương về đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động, bước đầu đã đạt được những kết quả quan trọng. Với đội ngũ trí thức, các nhà khoa học và các công chức, viên chức, Viện Nghiên cứu Chiến lược, Chính sách Công Thương đã có đóng góp to lớn trong nghiên cứu khoa học phục vụ sự nghiệp quản lý nhà nước của Bộ Công Thương; góp phần thực hiện xây dựng, đánh giá hiệu quả, hiệu lực và tác động của các chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án phát triển, chính sách, tiêu chuẩn và định mức kinh tế, kỹ thuật cho các ngành và lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Công Thương về công nghiệp và thương mại; đào tạo sau đại học, bồi dưỡng về chuyên môn, nghiệp vụ; tư vấn, hỗ trợ doanh nghiệp, xúc tiến thương mại, đầu tư và đổi mới công nghệ; hoạt động thông tin về công nghiệp và thương mại theo sự phân công của Bộ trưởng Bộ Công Thương và theo quy định của pháp luật.